[...] Ist es nicht so, dass wenn ich ein Teilprojekt hochlade, die vorhandenen Teile zumindest teilweise gelöscht werden? [...]
Nein, das kann nicht passieren, wenn Du den Startdateien der Teilprojekte unterschiedliche- und von "index" abweichende Namen gegeben hast und auch die Namen der enthaltenen Seiten Unikate sind.
Nach getaner Arbeit findest Du im endgültigen Export Verzeichnis