Les vidéos sources en AVI doivent être enregistrées en mode entrelacé.
Lors de la conversion en mpeg il faudrait paramétrer le codec en mode progressif et faire un ou deux petits tests pour évaluer la correction du problème.
Si cela ne fonctionne pas, il faudra passer sous "VirtualDub" qui est un freeware par contre gros boulot en perspective.
Quelques infos sur le site de référence sur ce Pb d'entrelacement (site en langue anglaise).