beim Schneiden wird es sicherlich nicht zu Problemen kommen, Du öffnest sie ja nicht zeitgleich. Allerdings kann es unter Umständen beim Brennen passieren, wenn sich die Treiber dafür nicht vertragen.
Ich gehe immer über exportieren und wähle dann z.B. MP4 mit HD1 oder HD2., halt je nach Bedarf. Das Ergebnis speichere/kopiere ich dann auf eine Externe Festplatte.