Wenn Du mit dem Multicam-Schnitt fertig bist, kannst du auf die "normale" Timeline zurückschalten und dann so arbeiten wie gewohnt, also auch die unteren Objekte löschen.
Sofern Du andere Elemente in diese Spuren legen willst (Texte, Deko etc.) denk bitte daran, die Spuren auch wieder auf sichtbar und ungemuted zu stellen (durchgestrichenes Auge bzw. Lautsprecher im Spurkopf!).
Ich würde die Spuren 1 und 2 (fertig geschnitten) kopieren und in einen neuen Film (TAB oder Reiter anlegen) einfügen und dort die Arbeit am Video zu Ende bringen.
Somit hast du im Multicam-Film noch alles zur Verfügung, wenn doch noch Änderungen am Grundgerüst vorgenommen werden müssen. Da musst du nicht wieder alles einrichten.