[...] Leider bekomme ich das bei unserer Seite nicht hin [...]

Das lässt sich ändern

[...] und auch der Support konnte nicht helfen... [...]

Da liegt daran, dass Dein Vorhaben mit den Möglichkeiten, die der WD von Haus aus bietet, nicht realisiert werden kann.

Mit einem winzigen Codeschnipsel, den Du nachträglich einbaust, ist es aber trotzdem machbar...

Nach dem Export der Website findet sich im Verzeichnis "index_htm_files" eine CSS Datei, mit dem Namen "xr_main.css"
Die Datei kann mit einem beliebigen Texteditor geöffnet werden.
Am Ende muss dann folgende Codezeile eingefügt werden:

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html {text-align: center; position: absolute; width: 100%; top: 50%; left: 0px; margin-top: -355px;}
--------------------

Der Wert für margin-top (hier -355px) sollte 50% der tatsächlichen Seitenlänge betragen, zzgl. einem evtl. gewünschten oberen Rand.

Die Funktion arbeitet mit dem FF und mit neueren Versionen des IE (ab Ver. 7), andere Browser habe ich noch nicht getestet.

Werden unterschiedlich lange Seiten im Projekt verwendet, kann die Funktion nicht sauber arbeiten.
Dann sollte alternativ der u. a. Code als CSS Code in den Head Bereich jeder einzelnen Seite eingefügt werden:

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<style type="text/css">
html {text-align: center; position: absolute; width: 100%; top: 50%; left: 0px; margin-top: -355px;}
</style>
-----------------------

Auch dann gilt:
Der Wert für margin-top (hier -355px) sollte 50% der tatsächlichen Seitenlänge betragen, zzgl. einem evtl. gewünschten oberen Rand.

Nachteil der letzten Variante: Die Seite wird zunächst oben angezeigt und erst danach mittig zentriert. Abhängig von der Downloadgeschwindigkeit wird der Vorgang als "springen" der Seite wahrgenommen.
Wird die CSS Datei angepasst, tritt der Effekt nicht auf.

Wichtig!
Die geänderte CSS Datei muss vor dem Export/Upload der fertigen Site gesichert werden und nach dem Upload der Site manuell, mit einem externen FTP Client (z. B. FileZilla) auf den Webspace geschoben werden. 

Viel Erfolg