[...] Obwohl ich die alten pdf Dateien gelöscht habe [...] erscheinen diese immer wieder im Index-Ordner beim Bereitstellen der Webseite. [...]

Dass liegt daran, dass die Dateien noch im Hilfsverzeichnis Deines Projekts liegen.

Öffne mal das Verzeichnis auf Deinem PC, in dem Du die Projektdatei "projektname.web" abgelegt hast.
In diesem Verzeichnis findest Du ein Unterverzeichnis mit dem Namen Deines Projekts und mit der Erweiterung "_web_files". Hat Dein Projekt z. B. den Namen "mysite.web", dann hat das zugehörige Hilfsverzeichnis den Namen "mysite_web_files".

Der WD kopiert alle Dateien, die Du in diesem Hilfsverzeichnis irgendwann mal angelegt hast, ohne Rückfrage bei jedem Upload erneut auf den Webserver. Aus gutem Grund löscht der WD niemals Dateien in diesem Verzeichnis, weil er ja nicht "wissen" kann, ob die Dateien von Dir dort abgelegt wurden...

Also, öffne das Hilfsverzeichnis und lösche alle Dateien, die Du nicht mehr benötigst. Danach ist Dein Problem vom Tisch.

Viel Erfolg