[...] in der Vorschau ist die komplette Homepage mittig ausgerichtet. Was mache ich falsch?[...]

Du machst wahrscheinlich alles richtig.
Die zentrierte Ausrichtung der Website ist von den Machern des WD so gewollt.

Aber, Du kannst diese Voreinstellung nach Deinen Wünschen nachträglich manipulieren.

2 Wege bieten sich an:

1. Mit einem kleinen JavaScript kannst Du dafür sorgen, dass die Site nach links verschoben wird.
   
   Vorteil: Der Scriptcode kann über den WD Editor fest in die Site eingebaut werden.
   
   Nachteil dieser Methode ist der Effekt, dass die Site zunächst mittig geöffnet wird und dann, wenn sie fertig geladen wurde, nach links springt.
    
2. Mit einer zusätzlichen Zeile CSS Code. Der Code wird einer vorhandenen CSS Datei angehängt.
   
   Vorteil: Die Seite wird direkt an der vordefinierten Position des Browserfensters geöffnet,
   
   Nachteil: Der Code wird bei jedem Export der Site vom WD überschrieben und muss vor der Veröffentlichung erneuert werden.

Zu 1.

Der u. a. Scriptcode (rot markiert) kann direkt in den Body Bereich der Website eingegeben werden.
Der Abstand zum linken Rand wird in dem Term: xr_xr.style.marginLeft="50px"; definiert.

--------------------------------
<script type="text/javascript">
function my_lres(e){
if(my_loldres)my_loldres(e);
xr_xr.style.marginLeft="50px";
xr_xr.style.left="0px";
xr_dx=0;document.body.style.backgroundPosition="0px 0px";};
var my_loldres=0;
window.onload=my_llod;
function my_llod(){
my_loldres=window.onresize;
window.onresize=my_lres;
my_lres();};
</script>
--------------------------------
 

Zu 2.

Alternativ (besser und schneller) kann der CSS Code der Datei "xr_main.css" ergänzt werden, um die folgende Zeile:

-----------------
html {position: absolute; left:405px; margin-left: -50%;}
-----------------

Der Wert in "left:405px;" ist abhängig von der Seitenbreite der Website.

Hier sollte der Gegenwert von 50% der Seitenbreite eingetragen werden + einem eventuell gewünschten linken Rand, damit die Seite nicht unmittelbar am Rand "klebt"....

Die Datei "xr_main.css" liegt standardmäßig im Verzeichnis "index_htm_files", das der WD beim Export anlegt. Sie wird allerdings bei jedem Export wieder überschrieben, wenn nicht vorher ein Schreibschutz gesetzt wird!
Die Änderung der Datei sollte daher erst dann erfolgen, wenn keine weiteren Änderungen der Website zu erwarten sind...

Wie eine mit dieser Methode links ausgerichtete Seite online aussieht, kannst Du Dir hier ansehen.

[...] Problem, dass viele Änderungen in der Vorschau nicht übernommen werden [...]

Den Weg zur Lösung hat Dir Janvo in seinem Kommentar von vorhin ja schon angedeutet.

Es ist sehr wahrscheinlich so, dass Du Farben- und/oder Objekte auf Ebenen angelegt hast, die dafür nicht geeignet sind.

Die "üblichen Verdächtigen" sind hier die Ebenen:  "MouseOver", "Page background" und "Pasteboard background".

Wie Ebenen im WD gehändelt werden und welche Bedeutung sie im Einzelnen haben, kannst Du am besten in der Hilfe Datei nachlesen (s. Screenshot)

Zu Deinem speziellen Problem, dass Hintergrundfarben nicht übernommen wurden, findest Du hier ein von UschenBerlin sehr gut gemachtes Tutorial.

Viel Erfolg