Eigendlich sollte die Upload-Funktion vom Web Designer das schon automatisch überprüfen und nur aktualisierte Inhalte hochladen, aber ich vertraue nicht darauf.
Wenn Du z.B. Objekte, wie Bilder und Flash-Animationen von einer Seite löscht, bleiben sie trotzdem im Projekt und werden auch nicht auf der Webserver gelöscht.
Beim lokale Exportieren und hochladen über eine FTP-Client hast Du einfach mehr Kontrolle.
Wenn Du die Website immer in das selber Verzeichnis exportierst, werden nur die geänderten Daten ersetzt.
Im FileZilla siehst Du am Zeitstempel, welche Daten neu oder aktualisiert wurden.