[...] Wenn ich die Seite mit Internet Explorer öffne, springt das Formular tiefer, als ich es im Web Designer positioniert habe.[...]

Diesen unschönen Effekt hatte ich bei einer neu entwickelten Website ebenfalls festgestellt aber nicht weiter verfolgt.

Ein Lösungsansatz könnte das einbinden des iframe Codes in eine imaginäre Tabelle sein.
Vorteil: die später nicht sichtbare Tabelle kann in ihrer Position genau festgelegt werden. Das in ihr enthaltene Frame ist damit ebenfalls an die Position gebunden.

Diese Technik wird z. B. von Foxyform, einem Anbieter für Kontaktformulare eingesetzt, um das per iframe eingebundene Formular zu positionieren.

Den kompletten iframe Code findest Du im angehängten Screenshot.