...] Man müsste in den Code eingreifen [...]

Richtig.

Das könnte man z. B. so machen... 🤓

Die CSS Steuerdatei "xr_main.css" findest Du nach dem Export/Upload im Verzeichnis "index_htm_files". Da der WD die Datei bei jedem Export/Upload mit dem Original überschreibt, musst Du die von Dir geänderte Version anschließend wieder in das Verzeichnis kopieren.
Besser wäre es, die geänderte Datei direkt in das zum Projekt gehörende Hilfsverzeichnis "projektname_web_files" zu kopieren, dann sorgt der WD automatisch dafür, dass die geänderte Datei nach jedem Export/Upload in das Verzeichnis "index_htm_files" kopiert wird...