Sehe gerade, dass mein Vorschlag nicht in VDL so funktionirt. In Video Pro X hat man mehr Möglichkeiten für den Timecode.
Umweg / Möglichkeit:
Deine Szene, wo die Uhr bei Null starten soll, legst du in einen neuen "Film" (Reiter/Tab) und da starte der Timecode ja mit Null. Diesen exportierst du als MAGIX-Video (mxv) und kannst diese dann gegen das Originalvideo ohne Timecode ersetzen.