[...] Kann ich diese verlorenen Daten wieder uploaden? [...]

Ja, sicher. Das setzt aber voraus, dass Du die Daten hast.

Aus Deiner Problembeschreibung ist zu entnehmen, dass genau das nicht (mehr) der Fall ist. Ich vermute also, dass Du wissen möchtest, ob man die auf dem Server liegenden Daten downloaden kann, um sie mit dem WD weiter bearbeiten zu können 

Die Antwort ist ein klares "Jein"

Die Daten, die Du natürlich vom Server herunterladen kannst, können leider nicht als editierbare Website im WD weiter benutzt werden.
Du wirst also Deine Site neu aufbauen müssen. Allerdings kannst Du die einzelnen Dateien, die Du heruntergeladen hast, weiter verwenden. Grafiken-, Bilder-, Texte-, Scriptlets-, etc. kannst Du wieder in die neu aufzubauenden Seiten einfügen...

Der aktuelle WD10 premium bietet dazu eine neue Importfunktion an:

Damit kannst Du den sichtbaren Inhalt einzelner Seiten in der ursprünglichen Anordnung in den WD Editor laden.

Gruppierungen-, Links-, Ebenen-, Scriptlets-, etc. werden aber nicht korrekt importiert. Die musst Du in jedem Fall manuell herunterladen und/oder einbinden...

Dennoch gerne viel Erfolg