Wie hast Du festgestellt, dass wirklich "alles" hochgeladen wird?

Ob Deine Aussage zutrifft, kannst Du feststellen, wenn Du mit einem anderen Programm (z. B. FileZilla) den Webspace löschst und dann mit dem WD die geänderten Daten veröffentlichst.

Trifft Deine Aussage zu, solltest Du anschließend wieder eine funktionierende Website auf dem Webspace haben, was ich aber bezweifle...

Ich vermute, dass Deine "Feststellung" andere Ursachen hat, die wir aber erst nach Deinem Test analysieren können.

Viel Erfolg