Was Du mit "zwei Fenster" bzw. "ein Fenster" meinst, verstehe ich nicht.
Um ein neues Projekt zu öffnen, musst Du einfach nur "Datei" und "öffnen" klicken. Im folgenden Dialog kannst Du dann u.a. auswählen, dass das schon offene Projekt geschlossen werden soll.
Ein Schließen des Programms ist also nicht nötig.