Die Projekteinstellung bezieht sich nur auf die Art, wie die Sache im Vorschaumonitor dargestellt wird. Die Exporteinstellungen werden ganz unabhängig davon erst beim Export ausgewählt (man kann ja auch mehrfach auf verschiedene Arten exportieren).

Um bei der Bearbeitung also möglichst alles genau so zu sehen, wie es dann im Endprodukt aussieht, ist es anzuraten, dass die Projekteinstellungen den späteren Exporteinstellungen entsprechen. Wesentlich ist das vor allem hinsichtlich des Seitenverhältnisses, weil z.B. Titelobjekte bezogen auf absolute Pixelpositionen gespeichert werden und daher verrutschen, wenn anders exportiert wird als vorher im Vorschaumonitor dargestellt. Im Bezug auf die Bildauflösung ist die Sache dagegen eher unkritisch zu sehen, solange das Seitenverhältnis stimmt.

Als Grundregel würde ich also sagen: Projekteinstellungen so, wie du das exportierte Projekt später sehen möchtest. Dann bei der Verwendung von Quellmedien mit abweichenden Eigenschaften im Dialogfeld nicht anpassen.