Per i quadretti rossi dopo che hai messo la foto nella time line, sinceramente non saprei che dire, non mi è mai successo, comunque potresti risolvere il problema andando su File | Impostazioni | Ripristina impostazioni di default.
Se non vuoi che il file progetto carichi anche il materiale che usi devi fare così:
Quando apri un nuovo progetto clicca su OPZIONI e togli la spunta su:
"Inserisci nuova cartellaprogetto nella quale devono essere inseriti tutti i file multimediale importati"