Prendi una qualsiasi immagine di colore nero, la metti nella traccia più bassa, poi vai su effetti posizione e dimensione, e adatti l'immagine ai sottotitoli già esistenti nel video nativo, in questo modo viene coperto.
Questo che ho scritto vale per i sottotitoli già esistenti in una clip, ma se il sottotitoli li hai messi tu allora nella time line li elimini.