Non conosco le proprietà del tuo PC, in quanto non hai messo nessun dato se non quello che lavora in 3D che non è che una cosa eccezionale per le schede di 5 a 6 anni or sono.
Detto questo c'è da considerare che alcuni plugin (Effetti) richiedono un numero impressionate di calcolo.
Una cosa che puoi fare e togliere la spunta su Ottimizzazione del sovraccarico....ecc, che trovi su Impostazioni programma | Audio e video.
Altra cosa da fare se non vuoi cambiare impostazioni è quello di utilizzare il Rendering,"icona a forma d'occhio" che è stata inserita per eliminare il preview a scatti, comunque quello che visualizzi in anteprima anche se non bene non influisce nell'esportazione del filmato, che viene fluido a 25 o più ftp come deve essere.
Se il difetto è visibile anche sul filmato esportato, dovresti provare a diminuire la risoluzione da FullHD che è  1920x1080 portarla in HD (1024x768) e vedere se il risultato è migliore.
NB: Per filmati in FullHD bisogna avere il materiale di montaggio a quella risoluzione, perchè se metti un video a risoluzione minore di 1080p, portandola in FullHD invece di migliorare peggiori il filmato.