[...] Leider werden diese Dateien beim Export jedoch immer wieder mit exportiert. [...]

Der WD legt beim Import externer Dateien ein Hilfsverzeichnis an, in dem er die importierten Dateien ablegt. Bei jedem Upload (veröffentlichen) des Projekts werden diese Dateien in das Daten Verzeichnis des Projekts übertragen (i. d. R. ist das das Verzeichnis "index_htm_files") und anschließend auf dem Webserver abgelegt.

Das Übertragen dieser Dateien erfolgt ohne Rückfrage. Das ist der Grund für den von Dir beobachteten Effekt.

Abhilfe:
Lösche vor einem Upload alle Dateien aus dem Hilfsverzeichnis, die du nicht auf dem Webserver sehen willst.

• Das Hilfsverzeichnis hat immer den Namen des Projekts, ergänzt um den Zusatz "_web_files". Hat Deine Projektdatei z. B. den Namen "homepage", dann hat das Hilfsverzeichnis den Namen "homepage_web_files".
• Das Hilfsverzeichnis liegt immer in dem Verzeichnis, in dem die Projektdatei abgelegt wurde.

Wenn Du nicht weißt, wo der WD (oder Du) Deine Projektdatei abgelegt hat, lass einfach den Windows Explorer danach suchen. Den Namen kennst Du ja jetzt...

Viel Erfolg