Das geht leider nicht mit einer Link Erweiterung. Du kannst aber auf der Seite 1 eine JavaScript Funktion ablegen, die beim Öffnen der Seite aktiv wird und prüft, ob eine vorher definierte Variable einen bestimmten Wert hat.
Eine Variable also, die, um in Deinem Beispiel zu bleiben, auf der Seite 2 gesetzt wird und die auf Seite 1 gelesen werden kann. Abhängig vom Wert der Variable, sagen wir 0 oder 1, wird dann die popup Ebene "Popup1" eingeblendet oder sie bleibt unsichtbar.
Wird die popup Ebene eingeblendet, wird gleichzeitig die Variable wieder auf 0 gesetzt, damit bei einem Reload der Seite 1 die popup Ebene ausgeblendet bleibt (sie soll ja nur angezeigt werden, wenn von Seite 2 auf Seite 1 weitergeleitet wird...

Die oben beschriebene Variable muss Session spezifisch sein. Ihr Wert muss auch erhalten bleiben, wenn die Seite neu geladen wird oder wenn zu einer anderen Seite der Site gewechselt wird.
Das kann auf verschiedene Arten realisiert werden, z. B. mit einer MySQL Datenbank-, mit einer PHP Session Variable-, mit einem Cookie-, mit einer HTML5 Session Variable...

Die einfachste Lösung lässt sich wohl mit einer HTML5 Session Variable machen. Die Lösung funktioniert mit allen halbwegs modernen Browsern und sie ist nicht abhängig von individuellen Browsereinstellungen, was bei einer reinen Cookie Lösung zu Problemen führen kann.

Lies Dich mal hier in das Thema ein. Wenn Du Dir die Umsetzung zutraust, solltest Du mit ein paar Zeilen HTML/JavaScript zum Ziel kommen.

Viel Erfolg