[...] Wenn man aber dies über die Funktion "Komplette Webseite exportieren" kontrollieren möchte, landet man immer auf der Xara-Webseite, obwohl die Seitenverlinkung richtig eingetragen ist. [...]

Aus der Beschreibung Deiner Vorgehensweise kann ich keine Fehler ableiten, die zu dem von Dir beobachteten Ergebnis führen könnten.
Du hast scheinbar alles richtig gemacht.

Damit keine Mißverständnisse aufkommen, habe ich im angehängten Screenshot die korrekten Arbeitsschritte zu Anpassung einer vordefinierten Navigationsleiste nachvollzogen:

Wenn das Ergebnis bei Dir vergleichbar ausgesehen hat, muß die Verlinkung korrekt funktionieren.

Denkbar wäre allenfalls, dass Du beim Test der exportierten Dateien eine ältere "index.htm" erwischt hast und damit das fehlerhafte Ergebnis provoziert hast.

Eventuell hast Du die Navigationsleisten nicht durchgängig als wiederholte Objekte auf allen Seiten abgelegt.
Dann können einzelne Navigationsbuttons ein "Eigenleben" behalten und z. B. den Standardlink zu xara.com behalten haben, den ja alle Navigationselemente aus der Seiten & Ebenen Galerie von Haus aus mitbringen.

Es ist auch nicht völlig ausgeschlossen, dass Du Navigationselemente unbeabsichtigt übereinander gelegt hast. Dann wäre der Effekt beim Klicken auch für Überraschungen gut.

Um einen Fehler in Deiner Navigationsleiste auszuschließen, könntest Du testweise eine der Musterseiten laden und ohne weitere Änderungen die vorhandene Navigationsleiste nach Deinen Wünschen anpassen.

Ich bin sicher, dass der Fehler dann nicht auftritt.

Trifft das zu, bleibt also nur die Fehlersuche im Aufbau Deiner Navigationsleiste